تقديراً للجهود التي يبذلها التلاميذ، و رغبة في تحفيز المتفوقين على التفوق أكثر فأكثر ، استحدثت الثانوية نظام الإعفاء للتلميذ المتفوق من الامتحان النهائي في المدرسة، وهذا الإعفاء مبني على معايير واضحة، تحدد وفق معدل عام يجب أن يحصل عليه كل تلميذ لكي يتم إعفاؤه من الامتحانات.

و الإعفاء على نوعين :

أ – إعفاء عام :

بحيث يعفى التلميذ من جميع الامتحانات المكتوبة التي تجري في نهاية العام الدراسي .

ب- إعفاء في مادة معينة أو مواد عدّة:

وذلك عندما ينال التلميذ معدلاً اقل من المعدل المطلوب لكي ينال الإعفاء النهائي و لكن يحصل على معدل عام يفوق 17/20 في المادة التي سوف يعفى منها.

يستثنى من نظام الإعفاء الحلقة الأولى بصفوفها الأول والثاني والثالث الأساسي وذلك بسبب الترفيع الآلي في هذه المرحلة.